Genetic trans-Complementation Establishes a New Model for Influenza Virus RNA Transcription and Replication

The influenza A viruses genome comprises eight single-stranded RNA segments of negative polarity. Each one is included in a ribonucleoprotein particle (vRNP) containing the polymerase complex and a number of nucleoprotein (NP) monomers. Viral RNA replication proceeds by formation of a complementary RNP of positive polarity (cRNP) that serves as intermediate to generate many progeny vRNPs. Transcription initiation takes place by a cap-snatching mechanism whereby the polymerase steals a cellular capped oligonucleotide and uses it as primer to copy the vRNP template. Transcription termination occurs prematurely at the polyadenylation signal, which the polymerase copies repeatedly to generate a 3′-terminal polyA. Here we studied the mechanisms of the viral RNA replication and transcription. We used efficient systems for recombinant RNP transcription/replication in vivo and well-defined polymerase mutants deficient in either RNA replication or transcription to address the roles of the polymerase complex present in the template RNP and newly synthesised polymerase complexes during replication and transcription. The results of trans-complementation experiments showed that soluble polymerase complexes can synthesise progeny RNA in trans and become incorporated into progeny vRNPs, but only transcription in cis could be detected. These results are compatible with a new model for virus RNA replication, whereby a template RNP would be replicated in trans by a soluble polymerase complex and a polymerase complex distinct from the replicative enzyme would direct the encapsidation of progeny vRNA. In contrast, transcription of the vRNP would occur in cis and the resident polymerase complex would be responsible for mRNA synthesis and polyadenylation

Classification of linear skew-products of the complex plane and an affine route to fractalization

Linear skew products of the complex plane, θ↦θ+ω,z↦a(θ)z,} where θ∈T, z∈C, ω/2π is irrational, and [θ↦a(θ)∈C∖{0} is a smooth map, appear naturally when linearizing dynamics around an invariant curve of a quasi-periodically forced complex map. In this paper we study linear and topological equivalence classes of such maps through conjugacies which preserve the skewed structure, relating them to the Lyapunov exponent and the winding number of θ↦a(θ). We analyze the transition between these classes by considering one parameter families of linear skew products. Finally, we show that, under suitable conditions, an affine variation of the maps above has a non-reducible invariant curve that undergoes a fractalization process when the parameter goes to a critical value. This phenomenon of fractalization of invariant curves is known to happen in nonlinear skew products, but it is remarkable that it also occurs in simple systems as the ones we present

Classification of linear skew-products of the complex plane and an affine route to fractalization

Linear skew products of the complex plane, \left.\begin{array}{l} \theta \mapsto \theta+\omega \\ z \mapsto a(\theta) z \end{array}\right\} where $\theta \in \mathrm{T}, z \in \mathbb{C}, \frac{\omega}{2 \pi}$ is irrational, and $\theta \mapsto a(\theta) \in \mathbb{C} \backslash\{0\}$ is a smooth map, appear naturally when linearizing dynamics around an invariant curve of a quasi-periodically forced complex map. In this paper we study linear and topological equivalence classes of such maps through conjugacies which preserve the skewed structure, relating them to the Lyapunov exponent and the winding number of $\theta \mapsto a(\theta) .$ We analyze the transition between these classes by considering one parameter families of linear skew products. Finally, we show that, under suitable conditions, an affine variation of the maps above has a non-reducible invariant curve that undergoes a fractalization process when the parameter goes to a critical value. This phenomenon of fractalization of invariant curves is known to happen in nonlinear skew products, but it is remarkable that it also occurs in simple systems as the ones we present

The Host-Dependent Interaction of α-Importins with Influenza PB2 Polymerase Subunit Is Required for Virus RNA Replication

The influenza virus polymerase is formed by the PB1, PB2 and PA subunits and is required for virus transcription and replication in the nucleus of infected cells. As PB2 is a relevant host-range determinant we expressed a TAP-tagged PB2 in human cells and isolated intracellular complexes. Alpha-importin was identified as a PB2-associated factor by proteomic analyses. To study the relevance of this interaction for virus replication we mutated the PB2 NLS and analysed the phenotype of mutant subunits, polymerase complexes and RNPs. While mutant PB2 proteins showed reduced nuclear accumulation, they formed polymerase complexes normally when co expressed with PB1 and PA. However, mutant RNPs generated with a viral CAT replicon showed up to hundred-fold reduced CAT accumulation. Rescue of nuclear localisation of mutant PB2 by insertion of an additional SV40 TAg-derived NLS did not revert the mutant phenotype of RNPs. Furthermore, determination of recombinant RNP accumulation in vivo indicated that PB2 NLS mutations drastically reduced virus RNA replication. These results indicate that, above and beyond its role in nuclear accumulation, PB2 interaction with α-importins is required for virus RNA replication. To ascertain whether PB2-α-importin binding could contribute to the adaptation of H5N1 avian viruses to man, their association in vivo was determined. Human alpha importin isoforms associated efficiently to PB2 protein of an H3N2 human virus but bound to diminished and variable extents to PB2 from H5N1 avian or human strains, suggesting that the function of alpha importin during RNA replication is important for the adaptation of avian viruses to the human host

Three-dimensional model for the isolated recombinant influenza virus polymerase heterotrimer

The genome of influenza A virus is organized into eight ribonucleoprotein complexes (RNPs), each containing one RNA polymerase complex. This RNA polymerase has also been found non-associated to RNPs and is possibly involved in distinct functions in the infection cycle. We have expressed the virus RNA polymerase complex by co-tranfection of the PB1, PB2 and PA genes in mammalian cells and the heterotrimer was purified by the TAP tag procedure. Its 3D structure was determined by electron microscopy and single-particle image processing. The model obtained resembles the structure previously reported for the polymerase complex associated to viral RNPs but appears to be in a more open conformation. Detailed model comparison indicated that specific areas of the complex show important conformational changes as compared to the structure for the RNP-associated polymerase, particularly in regions known to interact with the adjacent NP monomers in the RNP. Also, the PB2 subunit seems to undergo a substantial displacement as a result of the association of the polymerase to RNPs. The structural model presented suggests that a core conformation of the polymerase in solution exists but the interaction with other partners, such as proteins or RNA, will trigger distinct conformational changes to activate new functional properties

Anàlisi i conclusions dels tallers del IV Congrés Internacional «Educació i Entorn»

En aquest article, s'hi presenten les propostes sorgides durant el 4t Congrés «Educació i Entorn», celebrat el mes de maig de 2008 a la Seu d'Urgell, a partir dels tallers realitzats amb la participació de diferents professionals de l'àmbit educatiu de les administracions locals i autonòmica, representants d'associacions de mares i pares i de diverses entitats de lleure. El debat realitzat es va vertebrar al voltant del tema de la convivència i es va desenvolupar sobre quatre eixos bàsics: processos d'aprenentatge en els centres educatius, famílies, teixit social i acció de govern. De les propostes emeses, se n'infereixen idees clau sobre les percepcions al voltant de l'educació i de la convivència que van ser la base de les conclusions del congrés, exposades en un document titulat Declaració de la Seu d'Urgell.En este artículo, se presentan las propuestas surgidas durante el 4º Congreso «Educación y Entorno», celebrado en el mes de mayo de 2008 en La Seu d'Urgell, a partir de los talleres realizados con la participación de diferentes profesionales del ámbito educativo de las administraciones locales y autonómica, representantes de asociaciones de madres y padres y de diferentes entidades educativas en relación con el tempo libre. El debate realizado se vertebró alrededor del tema de la convivencia, y se desarrolló sobre cuatro ejes básicos: procesos de aprendizaje en los centros educativos, familias, tejido social y acción de gobierno. De las propuestas emitidas, se infieren ideas clave sobre las percepciones alrededor de la educación y de la convivencia que constituyeron la base de las conclusiones del congreso expuestas en un documento titulado Declaración de la Seu d'Urgell.The proposals are presented that arose from the IV Congress «Education and Environment» at La Seu d'Urgell, on the basis of workshops held that involved the participation of different professionals from the educational areas of local and regional administrations, representations of mother and father associations, and different leisure organisations. The debate centred on the issue of coexistence, covering four basic core areas: learning processes in education centres, families, social networks and government action. Key ideas were inferred from the proposals made in relation to the perceptions of education and coexistence, which formed the basis for the conclusions to the Congress that were exposed in a document called La Seu Declaration

El Joc de rol com a eina d’aprenentatge en assignatures de ciència i tecnologia de materials

La incorporació de les universitats europees a l'EHEA ha conduit a la remodelació de plans d'estudi i també, a la redefinició de protagonismes en el procés d'ensenyament-aprenentatge en l'àmbit universitari. Així, el paradigma de Bolònia ha contribuït a que, progressivament, s'hagin incorporat competències, processos d'avaluació continuada, d'autoavaluació i de coavaluació, que afavoreixen que l'estudiantat formi part del propi procés d'aprenentatge. Paral•lelament, en els darrers anys, la diversitat de formats disponibles per compartir informació (text, imatge, simulacions, vídeo) ha ajudat a que la pràctica docent pugui ser més àgil i, per tant, ha contribuït a afavorir la participació de l'estudiantat. En l'àmbit de materials, les tecnologies de comunicació han ajudat a visualitzar processos, a gestionar bases de dades de selecció de materials i a optimitzar les quotes d'atenció en l'activitat docent universitària. En aquest escenari, el projecte RIMA (Recerca i Innovació en Metodologies d'aprenentatge) neix amb la voluntat de potenciar les activitats desenvolupades pels Grups d'Interès (Communities of Practice) que s'han creat a la UPC. Entre ells, el grup d'Innovació Docent en Materials, GidMAT, proporciona un espai de comunió i compartició d'experiències així com un foro de debat entre professionals de la docència de materials. En aquest treball es proposa una activitat de joc de rol com a activitat pràctica de materials en l'àmbit de l'enginyeria. La interacció professorat-alumnat és imprescindible i la metodologia proposada garanteix una constant comunicació i un feed-back eficaç que possibiliti l'avaluació continua de les assignatures de tecnologia de materials.Peer Reviewe

Effect the material processing on the wave speeds and their effects on the ultrasonic inspection

La medida de la velocidad de propagación de las ondas ultrasónicas es una técnica precisa y bien establecida. A menudo esta fiabilidad la hace útil para la inspección asumiendo que estas velocidades son constantes para cada material, pero estas velocidades pueden variar por diversos motivos. En el presente trabajo se reporta la variación de la velocidad de los ultrasonidos en dos procesos de producción con deformación plástica severa: la molienda mecánica y sinterización en tibio bajo presión (BM+ST) y la extrusión en canal angular (ECAP). La BM+ST se ha aplicado a polvo de hierro puro obteniéndose compactos nanocristalinos con porosidades entre el 1 y 8%, sin anisotropías notables. En este caso existe una variación las velocidades de transmisión de hasta el 5%. La variación es similar en las ondas longitudinales y transversales. La ECAP se ha aplicado a una barra de cobre puro obteniéndose barras con material nanocristalino, no poroso pero con texturas fuertemente cambiantes. En estas muestras el comportamiento de las ondas longitudinales y transversales es notablemente distinto. La variación total de la velocidad de las primeras llega al 6%, pero el de las segundas al doble (15%). Además, la mayoría de muestras presenta birrefringencia de las ondas transversales.Postprint (published version

Els repositoris institucionals : entre la gestió i l'avaluació

El Dipòsit Digital de Documents de la Universitat Autònoma de Barcelona (DDD) és un repositori institucional que recull, administra i difon els materials produïts a la institució, alhora que des de la seva inauguració, el novembre de 2006, s'ha nodrit també amb col·leccions digitalitzades fruit de la participació de la universitat en projectes subvencionats per les administracions públiques. Amb aquesta presentació volem, en primer lloc, compartir l'experiència adquirida en la gestió d'un projecte de digitalització. En segon lloc, explicar els procediments de treball establerts i les eines de comprovació de la qualitat de les col·leccions digitalitzades. En tercer lloc, descriure els fluxos d'informació per a la recollida de la producció científica institucional. En quart lloc, fer una prospecció cap als criteris de qualitat i l'avaluació dels dipòsits, basant-nos en les recomanacions DINI (Deutsche Initiative für Netzwerkinformation) així com en d'altres iniciatives d'auditoria. Finalment, com a conclusió volem valorar i/o enumerar possibles millores a implementar al DDD.El Dipòsit Digital de Documents de la Universidad Autónoma de Barcelona (DDD) es un repostitorio institucional que recoge, administra y difunde los materiales producidos en dicha institución, a la vez que desde su inauguración, en noviembre de 2006, se ha alimentado también con colecciones digitalizadas fruto de la participación de la universidad en proyectos subvencionados por las administraciones públicas.Con esta presentación quisiéramos, en primer lugar, compartir la experiencia adquirida en la gestión de proyectos de digitalización. En segundo lugar, explicar los procedimientos de trabajo establecidos y las herramientas de comprobación de la calidad de las colecciones digitalizadas. En tercer lugar, describir los flujos de información para la recolección de la producción científica institucional. En cuarto lugar, realizar una prospección sobre los criterios de calidad y evaluación de los repositorios, basándonos en las recomendaciones DINI (Deutsche Initiative für Netzwerkinformation), así como en otras iniciativas de auditoría. Finalmente, como conclusión, quisiéramos valorar i/o enumerar posibles mejoras a implementar en nuestro repositorio.The Digital Repository of Documents of the Universitat Autònoma de Barcelona (DDD) is an institutional repository which collects, manages and disseminates materials that have produced in the institution, just as since its opening in November 2006, it has also stored and promoted digitized collections as a result of the participation in projects funded by the government. First of all, with this introduction we would like sharing some lessons that we have learned during the management of digitization projects, trying to focus on our established work procedures and tools for verifying the quality of digitized collections. Second, we would like to describe the information flows that we use to collect the institutional scientific production of UAB. Third, we conduct a survey on the quality evaluation criteria of repositories, based on DINI recommendations (Deutsche Initiative für Netzwerkinformation) and some other audit initiatives. As a conclusion, we would appreciate and share any possible improvements that can be implemented in our repository

El Joc de rol com a eina d’aprenentatge

El paradigma de Bolonya i les metodologies actives han possibilitat la incorporació de competències i processos d'avaluació continuada que afavoreixen que l'estudiantat formi part del mateix procés d'aprenentatge. S’ha plantejat la incorporació del joc de rol com a eina de motivació en les assignatures relacionades amb l’àmbit dels materials. Es pretén que un grup d’estudiants adopti el rol d’una empresa d’assessoria en materials, que doni resposta a les necessitats i peticions del professorat, el “client”. La interacció professorat-alumnat és imprescindible i la metodologia proposada ha de garantir una comunicació i una retroacció constants, que alimenti la motivació i que possibiliti un seguiment continu. Successivament es realitzen noves consultes que posen l’alumnat en contacte amb metodologies de caracterització química, física, mecànica i/o microestructural de materials, continguts que s’hauran vist en la part teòrica. A partir de les apreciacions del professorat, es fomenta que els informes de cada encàrrec (tasca) siguin cada vegada més acurats i professionals. El resultat final és un conjunt de protocols (dossier o portfolio) per a la caracterització d’un material, que mostra l’evolució en l’aprenentatge i recull evidències de l’assoliment de competències, i de coneixements, habilitats i actituds, com a base d’una transició de l’àmbit acadèmic al professional.Peer Reviewe